Фонд EFSE має на меті сприяння економічному розвитку та процвітанню Південно-Східної Європи та країн Східного партнерства шляхом додаткового сталого фінансування насамперед мікро- та малих підприємств та приватних господарств через відповідні місцеві фінансові установи.
У своєму щорічному звіті в 2016 році фонд EFSE підкреслює, що він продовжує розширювати підтримку стартапів, полегшуючи іноді скелястий шлях для нових підприємств в регіонах дії EFSE, які постраждали внаслідок безпрецедентної дестабілізації економічних систем. Крім того, відзначається, що деякі ринки все ще потребують вдосконалення низки елементів, необхідних для успішного підприємництва: доступу до фінансування, формальної освіти в сфері бізнесу та фінансів та сприятливих умов як для стартапів, так і для залучених малих та середніх підприємств, які постійно стикаються з новими викликами.